備忘録 ExPASY trancelateの使い方


 高校の生物の遺伝の授業や大学の遺伝学の授業ではDNAやRNAの翻訳をするという問題や課題がありますが、そのような問題はいちいちトリプレットを確認しながらそれぞれアミノ酸を参照しながら解かないといけないので面倒です。20個くらいの塩基ならともかく100個以上になるとそうも言ってられません。そこで役に立つのが翻訳ツールです。

 

 

 

 

 

 ExPASYとはスイスバイオインフォマティクス研究所の運営するバイオインフォマティクスのリソースのポータルである

                              wikiより引用

 

web.expasy.org

ExPASY translate toolのURL

 

 ExPASY translate toolは最も有名な遺伝子の翻訳ツールだと思います。ですが英語で記載られてあるため、日本人にはとっつきにくいです。私は初見では理解できなかったので、ここではできる限り分かりやすく説明をしたいとおもいます。

 

 

 

 これがExPASyの画面です。

 

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ExPASYより

 

 

 まずは翻訳したいDNAとRNAの情報をDNA or RNA sequenceのところにコピペします。そのあとにTARNSLATE!というボタンを押すと勝手に翻訳をしてくれます。

 Output formatの項目のには選択肢が4つありますがIncludes nucleotide sequenceというところを選択すると、トリプレットとアミノ酸の記号が参照されて表示されるのでおススメです。

 翻訳すると恐らく5-3と3-5と表記された枠が出てきて、それも三つずつ計6項目の事項が出てくると思います。これは、コピペしたものをそのまま読んで翻訳された方が5-3の方の枠で、3-5の枠はコピペしたものを逆から読んだ場合に翻訳されたものに相当します。三つの枠は、それぞれトリプレットをコピペ先から一つずつずらしたものを表しており、得られた情報を利用する場合はコピペした原点から開始コドンが最も近いものを選ぶようにしましょう。

 

 

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 赤い部分が翻訳される塩基を表しています。

 

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コトバンクより

 この表を基に、アミノ酸の表示記号どうりに読み解けば、雑多な塩基配列からでも簡単にアミノ酸の配列を読み解くことができます。

 

 


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